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吉林大學在2009級研究生中開展研究生培養機制改革，通過改革充分發揮學院、導師在培養研究生過程中的積極性和主動性，加大對研究生的獎助力度。通過引入激勵機制與競爭機制，打破過去在助學金分配制度方面的大鍋飯、不平等現象，革除導師一年招太多的學生，分配到每個學生精力有限的弊端，從而全面提高學生學習的積極性、主動性和創新能力，最終使研究生培養質量及綜合素質得到全面提高，以適應國民經濟建設對高素質專門人才的需要。培養機制改革包括招生、培養及“獎助”體系改革三部分內容。“獎助”體系改革是改革的抓手，改革后新的“獎助”體系主要包括基本獎學金、研究生新生優秀獎學金、研究生優秀獎學金，還有助研、助教、助管，統稱“三助”。吉林大學研究生培養機制改革主要具有以下特點：
一是為基本獎學金劃分等級，鼓勵學生創先爭優。研究生基本獎學金主要是解決學費問題，共分兩等。一等獎學金學費全免，約有75%的博士研究生、40%的碩士研究生可以獲得；二等獎學金免去一半學費，大約15%的博士生、40%的碩士生可以獲得。而在改革之前，研究生分為公費生與自費生，公費生各學年免掉學費，約占51%，自費生學費需自己承擔，約占49%。總的來說，和以前相比，獲獎的比例增加了，學校的經費投入也增加了。
二是設立新生優秀獎學金，吸引優秀人才。研究生新生優秀獎學金的獎勵力度比較大，博士生和碩士生各占10%，博士獎勵10000元，碩士5000元，以鼓勵優秀學生報考吉林大學。到第二年以后，還設有研究生優秀獎學金，主要是獎勵入學后學習成績好的研究生，博士生和碩士生同樣各占10%，博士每人每年5000元，碩士2500元。
三是設立“三助”崗位，提高能力，保障生活。設立“三助”主要是為研究生提供工作崗位鍛煉的機會，以全面提高研究生的綜合素質，并通過勞動獲得一部分生活費用。吉林大學為每位參加改革的研究生提供了“三助”崗位，只要提出申請并符合基本條件即可獲得。2009級設有助教、助管崗位各167個，其余為助研崗位。助教博士生每月500元，碩士300元，助管博士和碩士每月均為500元。研究生助研費分為基本助研費和業績助研費，基本助研費由學校提供，博士生每月400元，碩士240元，業績助研費從導師所出的助研費中提供，以學生助研工作的質量和數量為依據。“三助”在改革前以助學金的形式頒發，碩士生每月320～360元，博士生每月540～580元，但只發給公費生。實行新的“獎助”體系，使研究生獲得的獎助學金平均比過去提高了約50%，排名前10%的博士生可獲得的獎助學金總額在26000元以上，其中一部分可拿到30000元以上。與過去相比，新的“獎助”體系更能體現公平性，對研究生導師和學生均起到一定的激勵作用。
四是實施研究生創新計劃，全面培養創新能力。為配合研究生培養機制改革，加強吉林大學研究生創新能力培養，學校從“985工程”、“211工程”中籌措經費，實施了研究生創新計劃，具體包括研究生創新基金、國際一流大學訪學計劃和優秀拔尖人才培養計劃三項，2009年投入經費165萬元。其中，研究生創新基金是專門為研究生從事創新性項目研究設立的，一般項目資助4000—8000元，重點項目資助12000元；國際一流大學訪學計劃主要是為擴大研究生的國際視野而設；優秀拔尖人才培養計劃主要是為資助研究生努力爭取獲得省級以上優秀學位論文而設立的。
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