1.招生對象和招生方式不同。會計碩士專業學位招生對象為具有國民教育系列大學本科畢業（一般應具有學士學位）、從事會計或相關領域實際工作兩年以上者，所有報考者需參加每年10月前后的聯考，考試難度較低且錄取比例可能會比較高（2004年首屆試點可能稍低），而會計學碩士招生對象主要包括國家承認學歷的應屆本科畢業生，或具有國家承認的大學本科畢業學歷的人員，或獲得國家承認的大專畢業學歷后經兩年或兩年以上（從大專畢業到下一年的九月），達到與大學本科畢業生同等學力（各校對專科生考生可能提出其他具體的業務要求），除保送生外，其他報考人員需參加全國每年于元月份前后舉行的統考，考試科目包括政治、外語、專業基礎（一般為數學三或數學四）以及會計綜合（包括財務會計、財務管理、管理會計、審計等），難度較高且錄取比例相對較低；
2.在學費上有較大差距。會計碩士入學門檻底是以其較高學費為前提的，會計學碩士計劃內統招生目前一般不收費或者面向在職人員收取一定的費用（據了解，研究生收費尚待進一步改革和完善），而會計碩士，相比而言，可能是一種花費更大的學位碩士。據我們了解，北京多所名牌大學首屆會計碩士預計收費可能高達5－6萬元（2萬元/年），外地院校如湖南大學、中南財經大學等則預計三年總的學費為3－4萬元左右（1－1.5萬元/年）；
3.在學習方式上有很大區別。會計碩士不同于一般意義上的會計學碩士學歷教育。會計學碩士，一般要求全職學習（在職人員當然也可以選擇在職學習），學習期間可以轉檔案、人事、工資、戶口關系，學習期間管理較為嚴格；而會計碩士作為學位教育，全部面向在職人員，學習期間，一邊工作一邊學習，學習期間也不轉檔案、人事、工資、戶口關系；
4.課程設置上有較大區別。會計學碩士作為學歷教育，重點是基礎教育、素質教育和專業教育，偏重理論知識的掌握和學習，如財務理論、會計理論、審計理論、國際會計等會計相關知識，會計碩士作為職業教育，則更多偏重于實務，學習的目的是為了解決實際工作中的問題；
5.畢業證和學位證有區別。會計學碩士既有管理學碩士學位證，也有會計學碩士研究生畢業證，而會計碩士則只頒發國務院學位辦統一印制的《會計碩士專業學位證書》，有會計碩士專業學位證，沒有畢業證。
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