本評價的自然科學是理學、工學、農學、醫學4個學科的統稱。自然科學的研究對象是物質本身。本評價的自然科學評價，體現了各大學研究生院理學、工學、農學、醫學4個學科的綜合實力。因此，僅在自然科學某一學科領先的大學，并不意味著一定能在整個自然科學評價中領先。為了既反映各大學自然科學的綜合實力，又反映各大學理學、工學、農學、醫學各自的實力，本節將各大學自然科學總評價和理學、工學、農學、醫學各自的評價一一列出，供報考自然科學的大學畢業生參考。
與社會科學相比，自然科學在教師人數、學生畢業人數等方面都占有優勢。據國務院學位辦公室發表的統計數據，我國大學授予的自然科學學士占學士總數的67.13%，在1999~2003年授予的碩士和博士學位中，自然科學碩士占碩士總數的62.77%，自然科學博士占博士總數的77.06%。
另據教育部高校學生司發布的2003~2006年博士生導師資料統計，在全國大學30586名博士生導師中，有23312名是自然科學博導，占博導總數的76.26%。
自然科學共有60個一級學科、249個二級學科。有211所大學有自然科學博士學位授予權，有376所大學有自然科學碩士學位授予權。
自然科學是人類認識和改造物質世界的科學，一個國家的自然科學水平決定了這個國家認識和改造物質世界的能力。
2006中國大學研究生院自然科學前100名
（B級及其以下相同等級排名不分先后）
| 排名 |
校 名 |
等級 |
| 1 |
清華大學 |
A++ |
| 2 |
北京大學 |
A++ |
| 3 |
浙江大學 |
A++ |
| 4 |
上海交通大學 |
A++ |
| 5 |
復旦大學 |
A++ |
| 6 |
華中科技大學 |
A++ |
| 7 |
南京大學 |
A+ |
| 8 |
中國科學技術大學 |
A+ |
| 9 |
中山大學 |
A+ |
| 10 |
哈爾濱工業大學 |
A+ |
| 11 |
吉林大學 |
A+ |
| 12 |
四川大學 |
A |
| 13 |
武漢大學 |
A |
| 14 |
西安交通大學 |
A |
| 15 |
天津大學 |
A |
| 16 |
中國協和醫科大學 |
A |
| 17 |
山東大學 |
A |
| 18 |
中南大學 |
A |
| 19 |
北京航空航天大學 |
A |
| 20 |
西北工業大學 |
A |
| 21 |
南開大學 |
A |
| 22 |
同濟大學 |
A |
| 23 |
大連理工大學 |
A |
| 24 |
華南理工大學 |
A |
| 25 |
中國農業大學 |
A |
| 26 |
東南大學 |
A |
| 27 |
東北大學 |
A |
| 28 |
蘭州大學 |
B+ |
| 29 |
北京理工大學 |
B+ |
| 30 |
北京師范大學 |
B+ |
| 31 |
華東理工大學 |
B+ |
| 32 |
中國地質大學 |
B+ |
| 33 |
廈門大學 |
B+ |
| 34 |
重慶大學 |
B+ |
| 35 |
北京科技大學 |
B+ |
| 36 |
中國石油大學 |
B+ |
| 37 |
南京農業大學 |
B+ |
| 38 |
西安電子科技大學 |
B+ |
| 39 |
南京航空航天大學 |
B+ |
| 40 |
西北農林科技大學 |
B+ |
| 41 |
首都醫科大學 |
B+ |
| 42 |
中國礦業大學 |
B+ |
| 43 |
湖南大學 |
B+ |
| 44 |
電子科技大學 |
B+ |
| 45 |
南京理工大學 |
B+ |
| 46 |
中國海洋大學 |
B+ |
| 47 |
華中農業大學 |
B+ |
| 48 |
西北大學 |
B+ |
| 49 |
中國醫科大學 |
B+ |
| 50 |
北京化工大學 |
B+ |
| |
武漢理工大學 |
B |
| |
華東師范大學 |
B |
| |
蘇州大學 |
B |
| |
北京交通大學 |
B |
| |
上海大學 |
B |
| |
西南交通大學 |
B |
| |
華南農業大學 |
B |
| |
鄭州大學 |
B |
| |
東北師范大學 |
B |
| |
暨南大學 |
B |
| |
北京工業大學 |
B |
| |
福建農林大學 |
B |
| |
中國藥科大學 |
B |
| |
東華大學 |
B |
| |
揚州大學 |
B |
| |
哈爾濱工程大學 |
B |
| |
北京郵電大學 |
B |
| |
北京林業大學 |
B |
| |
山東農業大學 |
B |
| |
河海大學 |
B |
| |
西南大學 |
B |
| |
哈爾濱醫科大學 |
B |
| |
北京中醫藥大學 |
B |
| |
東北林業大學 |
B |
| |
福州大學 |
B |
| |
山西大學 |
C+ |
| |
燕山大學 |
C+ |
| |
南京師范大學 |
C+ |
| |
河北醫科大學 |
C+ |
| |
天津醫科大學 |
C+ |
| |
重慶醫科大學 |
C+ |
| |
南京工業大學 |
C+ |
| |
合肥工業大學 |
C+ |
| |
云南大學 |
C+ |
| |
南京醫科大學 |
C+ |
| |
陜西師范大學 |
C+ |
| |
沈陽藥科大學 |
C+ |
| |
湖南師范大學 |
C+ |
| |
華北電力大學 |
C+ |
| |
太原理工大學 |
C+ |
| |
汕頭大學 |
C+ |
| |
江南大學 |
C+ |
| |
浙江工業大學 |
C+ |
| |
成都理工大學 |
C+ |
| |
河北農業大學 |
C+ |
| |
華中師范大學 |
C+ |
| |
河北工業大學 |
C+ |
| |
南京林業大學 |
C+ |
| |
南昌大學 |
C+ |
| |
江蘇大學 |
C+ |
對中國大學及其各個學科、專業進行評價是十分困難的工作，特別是對研究生二級學科的排名至今只有《中國大學評價》課題組一家完成。所有排名和等級僅供參考。《中國大學評價》課題組歡迎各方面來電來函提出批評建議，歡迎同行質疑、商榷、補充、指正。
有關中國大學研究生院的具體排名情況和各大學各學科的等級，見武書連主編、中國統計出版社出版的《挑大學 選專業——2007考研擇校指南》
《中國大學評價》課題組聯系電話：0755－83460023 0755－25964446
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