我國目前有180個工程碩士教育培養單位、38個工程領域、年招生3萬多人。國務院學位辦日前發布的一項調查結果顯示，大多數畢業生認為讀完工程碩士以后，在基礎理論及工作能力上都有很大進步，半數以上的人認為收獲最大的是專業基礎理論和對本專業最新發展的了解。
目前，工程碩士教育遇到的困難和問題主要有三個方面——
企業對工程碩士的培養工作缺乏參與。調查顯示，來自企業的生源占工程碩士總數的45.2％，在高校負責人當中，認為學校能夠獲得企業密切配合的僅占26％。
“雙導師”制未落到實處。能夠完全落實這一制度的單位僅夠半數（52.8％）；對在讀工程碩士的調查也顯示，學校與所在單位能嚴格實行雙導師制者不到半數（42.3％）。
高校的培養目標與當前社會需求存在差異。40所工科院校中，3/4以上學校的工程碩士生人數比例在3％以下。不論是英語、數學還是專業、選修課，主要問題都是內容脫離實際，不能很好地適應學生畢業后在崗位上的需求。
